Čeprav bi teoretično zadostovala ena molekula predloge, se za klasično PCR običajno uporabljajo precej večje količine DNK, na primer do 1 µg genomske sesalske DNK in le 1 pg plazmidne DNK. Optimalna količina je v veliki meri odvisna od števila kopij ciljnega zaporedja in njegove kompleksnosti.
Če se uporabi zelo malo predloge, bo za pridobitev zadostne količine produkta potrebno ustrezno povečanje števila ciklov amplifikacije. Taq polimeraza, ki se uporablja za večino PCR poskusov, nima korekcijske funkcije (3′-5′ eksonukleazna aktivnost), zato napak, ki se pojavijo med amplifikacijo, ni mogoče popraviti. Večje kot je število ciklov, bolj pogosta bo amplifikacija napačnega produkta. Če pa je količina predloge prevelika, se bo povečala verjetnost, da se začetni oligonukleotidi vežejo na druga (ne stoodstotno komplementarna) zaporedja, kot tudi nastanek začetnih dimerjev, kar bo povzročilo amplifikacijo stranskih produktov. V mnogih primerih se DNK izolira iz celičnih kultur ali mikroorganizmov in nato uporabi kot predloga za PCR. Po čiščenju je treba določiti koncentracijo DNK, da se lahko določi volumen, ki je potreben za nastavitev PCR. Čeprav lahko elektroforeza na agaroznem gelu služi za oceno, ta metoda še zdaleč ni natančna. UV-Vis spektrofotometrija je bila uveljavljena kot zlati standard za kvantifikacijo nukleinskih kislin; Ta neposredna in zato enostavna ter hitra metoda meri absorbanco vzorca pri 260 nm, koncentracija pa se izračuna s pomočjo pretvorbenega faktorja.
Če pa je koncentracija DNK zelo nizka (< 1 µg/mL dsDNA) ali če je kontaminirana s snovmi, ki absorbirajo tudi v območju 260 nm (npr. RNK, beljakovine, soli), bo ta metoda dosegla svoje omejitve. V primeru zelo nizkih koncentracij bodo odčitki kmalu postali preveč nenatančni, da bi bili uporabni, kontaminacije pa bodo povzročile (včasih ogromno) precenitev dejanske vrednosti. V tem primeru je lahko alternativa kvantifikacija s fluorescenco. Ta tehnika temelji na uporabi fluorescentnega barvila, ki se specifično veže na dsDNA – svetloba vzbudi le kompleks, ki ga sestavljata nukleinska kislina in barvilo, ki nato oddaja svetlobo nekoliko višje valovne dolžine. Tukaj je intenzivnost fluorescentnega signala sorazmerna s količino DNK, za določanje koncentracije pa se ovrednoti glede na standardno krivuljo. Prednosti te metode temeljijo na specifičnosti vezi, ki izključuje zunanje vplive, ki jih povzroča kontaminacija, ter na posledični sposobnosti zaznavanja zelo nizkih koncentracij DNK. Primernost obeh metod je odvisna predvsem od koncentracije in čistosti vzorca; v mnogih primerih je celo priporočljivo uporabiti obe metodi hkrati.
Čas objave: 30. november 2022