Jafnvel þó að fræðilega myndi ein sameind af sniðmátinu nægja, er töluvert meira magn af DNA venjulega notað fyrir klassíska PCR, til dæmis, allt að 1 µg af erfðafræðilegu spendýra DNA og allt að 1 pg af plasmíði DNA.Ákjósanlegasta magnið fer að miklu leyti eftir fjölda eintaka af markröðinni, sem og hversu flókið hún er.
Ef mjög lítið sniðmát er notað, þarf samsvarandi aukningu á fjölda mögnunarlota til að fá nægilegt magn af vöru.Taq pólýmerasi sem er notaður fyrir flestar PCR tilraunir hefur ekki leiðréttingaraðgerð (3′-5′ exonuclease virkni);þannig er ekki hægt að leiðrétta villur sem verða við mögnun.Því meiri sem fjöldi lota er, því algengari verður mögnun gölluð vöru.Ef magn sniðmáts er aftur á móti of mikið aukast líkurnar á því að primerar sameinast öðrum (ekki hundrað prósent ófullnægjandi) raðir, sem og myndun primer dimera, sem mun leiða til mögnunar á aukaafurðir.Í mörgum tilfellum er DNA einangrað úr frumuræktun eða úr örverum og síðan notað sem PCR sniðmát.Eftir hreinsun er nauðsynlegt að ákvarða styrk DNA til að geta skilgreint rúmmálið sem þarf fyrir PCR uppsetninguna.Þó agarósa hlaup rafskaut gæti þjónað til að gefa mat, er þessi aðferð langt frá því að vera nákvæm.UV-Vis litrófsmæling hefur verið staðfest sem gullstaðall fyrir magngreiningu kjarnsýra;þessi beina og þar af leiðandi auðvelda og fljótlega aðferð mælir gleypni sýnisins við 260 nm og styrkur er reiknaður með hjálp umbreytingarstuðs.
Ef DNA styrkurinn er hins vegar mjög lágur (< 1 µg/mL dsDNA), eða ef það er mengað efnum sem einnig gleypa á 260 nm sviðinu (td RNA, prótein, sölt), mun þessi aðferð ná takmörkunum sínum.Ef um mjög lágan styrk er að ræða verða mælingar fljótlega of ónákvæmar til að hægt sé að nota þær og mengun mun leiða til (stundum gífurlegs) ofmats á raunverulegu gildi.Í þessu tilviki getur magngreining með flúrljómun verið valkostur.Þessi tækni byggir á notkun flúrljómandi litarefnis sem binst sérstaklega við dsDNA aðeins flókið sem samanstendur af kjarnsýru og litarefni er örvað af ljósinu og það mun í kjölfarið gefa frá sér ljós með aðeins hærri bylgjulengd.Hér er styrkleiki flúrljómunarmerkisins í réttu hlutfalli við magn DNA og til að ákvarða styrkinn er það metið í tengslum við staðlaða feril.Kostir þessarar aðferðar hvíla á sérhæfni tengisins, sem útilokar ytri áhrif sem myndast af mengun, sem og á getu sem af því leiðir til að greina mjög lágan styrk DNA.Hvort aðferðin sem er henti veltur aðallega á styrk og hreinleika sýna;í mörgum tilfellum getur jafnvel verið ráðlegt að beita báðum aðferðum samhliða.
Pósttími: 30. nóvember 2022