Þó að í orði kveðnu nægi ein sameind af sniðmátinu, þá er venjulega notað töluvert meira magn af DNA fyrir hefðbundna PCR, til dæmis allt að 1 µg af erfðaefni spendýra og aðeins 1 pg af plasmíð DNA. Kjörmagnið fer að miklu leyti eftir fjölda afrita af markröðinni, sem og flækjustigi hennar.
Ef mjög lítið sniðmát er notað þarf samsvarandi aukningu á fjölda mögnunarlotna til að fá nægilegt magn af afurðinni. Taq pólýmerasi sem er notaður í flestum PCR tilraunum hefur ekki leiðréttingarfall (3′-5′ exonúkleasa virkni); því er ekki hægt að leiðrétta villur sem koma upp við mögnun. Því hærri sem fjöldi lotna er, því algengari verður mögnun gallaðrar afurðar. Ef hins vegar magn sniðmátsins er of mikið aukast líkurnar á að praimer tengist öðrum (ekki hundrað prósent viðbótar) röðum, sem og myndun praimer tvíliða, sem leiðir til mögnunar aukaafurða. Í mörgum tilfellum er DNA einangrað úr frumuræktun eða úr örverum og síðan notað sem PCR sniðmát. Eftir hreinsun er nauðsynlegt að ákvarða styrk DNA til að geta skilgreint rúmmálið sem þarf fyrir PCR uppsetninguna. Þó að agarósagel rafgreining geti gefið mat, er þessi aðferð langt frá því að vera nákvæm. UV-Vis litrófsmæling hefur verið staðfest sem gullstaðallinn fyrir magngreiningu kjarnsýra; Þessi beina og þar af leiðandi auðvelda og fljótlega aðferð mælir gleypni sýnisins við 260 nm og styrkurinn er reiknaður með hjálp umreikningsstuðuls.
Ef styrkur DNA er hins vegar mjög lágur (< 1 µg/mL tvíþátta DNA), eða ef það er mengað af efnum sem einnig gleypa í 260 nm sviðinu (t.d. RNA, prótein, sölt), mun þessi aðferð ná takmörkunum sínum. Ef styrkurinn er mjög lágur verða mælingarnar fljótlega of ónákvæmar til að vera gagnlegar og mengun mun leiða til (stundum gríðarlegrar) ofmats á raunverulegu gildi. Í þessu tilfelli getur magngreining með flúrljómun verið valkostur. Þessi tækni byggist á notkun flúrljómandi litarefnis sem binst sértækt við tvíþátta DNA, aðeins flókið sem inniheldur kjarnsýru og litarefni er örvað af ljósinu og það mun síðan gefa frá sér ljós með aðeins hærri bylgjulengd. Hér er styrkur flúrljómandi merkisins í réttu hlutfalli við magn DNA og til að ákvarða styrkinn er hann metinn í tengslum við staðlaða feril. Kostir þessarar aðferðar byggjast á sértækni tengisins, sem útilokar utanaðkomandi áhrif sem mengun veldur, sem og á getu til að greina mjög lágan styrk DNA. Hentugleiki beggja aðferða fer aðallega eftir styrk og hreinleika sýnisins; Í mörgum tilfellum getur jafnvel verið ráðlegt að beita báðum aðferðunum samhliða.
Birtingartími: 30. nóvember 2022